Já tive diversas experiências onde alterar um caminhão de elementos de uma só vez em um site geralmente acarreta em perdas temporárias de posicionamento.

Talvez a maior dúvida do Google em relação a isto seja a seguinte: encontrei um monte de coisas novas na página X e estou recomendando-a para as buscas pela palavra Y. Será que ainda devo continuar com a recomendação? Na mesma posição? A página ainda é boa naquilo que estou recomendando?

Agora imagine este tipo de dúvida para um site com 3000 páginas que muda drasticamente de uma hora para outra. Com certeza deve levar um certo tempo para calcular todos os créditos das páginas para as milhares de palavras relacionadas ao site. E, para se preservar, o Google deve dar um gelo nas páginas em vista de ter tempo suficiente para realmente comprovar que elas ainda são boas naquilo que eram.

É até compreensível pois, afinal de contas, sua maior intenção é mostrar os conteúdos mais relevantes para uma busca.